Runt 1200 talet får Köpenhamn stadskaraktär och under de följande århundradena växer staden mycket kraftigt. Det dröjer dock till 1479 innan Köpenhamn kulturellt och officiellt blir huvudstad i Danmark. Utnämnandet till huvudstad kommer i och med att Kristian I grundar Köpenhamns universitet. 1728 och 1795 härjar två omfattande bränder i staden och ödelägger Köpenhamn.
I juli 2000 invigdes Öresundsbron mellan Malmö i Sverige och Köpenhamn i Danmark. Bron har fungerat bra för att knyta samman de två länderna.